蛋白质溶液构象的核磁共振计算方法研究

波谱学杂志 ›› 1995, Vol. 12 ›› Issue (2): 127-134.

蛋白质溶液构象的核磁共振计算方法研究

林东海, 沈联芳, 缪希茄, 毛希安, 叶朝辉

中国科学院武汉物理研究所波谱与原子分子物理国家重点实验室, 武汉 430071

收稿日期:1994-07-20 修回日期:1994-08-08 出版日期:1995-04-05 发布日期:2018-01-17
基金资助:
国家自然科学基金,博士后科学基金资助项目

AN ALGORITHM FOR CALCULATING PROTEINSOLUTION C ONFORMATIONS

Lin Donghai, Shen Lianfang, Miao Xijia, Mao Xian, Ye Chaohui

State Key Laboratory of Magnetic Resonanee and Atomic and Molecular Pbysica, Wuhan Institute of Pbysies, Tbc Chinesc Academy of Scieces, Wuhan 430071

Received:1994-07-20 Revised:1994-08-08 Online:1995-04-05 Published:2018-01-17

摘要/Abstract

摘要： 建立由2D NOESY诺峰强度计算蛋白质溶液构象的实用方法,先用完整弛豫矩阵分析方法程序计算H-H原子间距约束,然后用距离几何算法程序计算出三锥空间结构,再用有约束的分子动力学算法程序结合能量优化程序精化结构,并模拟出该结构的NOESY诺峰强度与实验NOESY谱峰强度对比,经多次迭代计算与精化得到合理稳定的蛋白质构象。用BPTI前30肽晶体结构进行模拟测试,表明本方法是成功可行的。

关键词: NMR, 蛋白质溶液构象, 结构计算与精化

Abstract: An algorithm was developed to calculate protein solution conforniations from 2D NOESY intensities. With the complete relaxation matrix analysis program MARDIGRAS the H-H atom distance constraints are evaluated. With the distance geometry program DISMAN the three dimensional structures of proteins are calculated which are refined further by the restrained molecular dynamics program r-MD and the energy rninimization program r-EM. With the CORMA program the NOESY intensities of the calculated structures are simulated to compare with the experimental NOESY intensities. Through a series of calculations and refinements the protein conformations arc obtained finally. The algorithm has been tested with the crystal structure of BPTI tresidues 1~30) and shown to be successful and practical.

Key words: NMR, Protein solution confoimations, Calculation and refinement of structures

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