波谱学杂志, 2023, 40(1): 100-110 doi: 10.11938/cjmr20223017

磁共振仪器与技术专栏

EPR谱图模拟软件EasySpin的图形用户界面设计

李晶鑫,*, 童伟,#

极端条件凝聚态物理安徽省重点实验室,中国科学院合肥物质科学研究院强磁场科学中心,安徽 合肥 230031

Graphical User Interface Design of the EPR Spectra Simulation Software EasySpin

LI Jingxin,*, TONG Wei,#

Anhui Province Key Laboratory of Condensed Matter Physics at Extreme Conditions, High Magnetic Field Laboratory, HFIPS, Chinese Academy of Sciences, Hefei 230031, China

通讯作者: * Tel: 0551-65595194, E-mail:jingxinli@hmfl.ac.cn;# Tel: 0551-65595671, E-mail:weitong@hmfl.ac.cn

收稿日期: 2022-08-23  

基金资助: 国家重点研发计划大科学装置前沿研究项目(2017YFA0403502); 国家自然科学基金联合基金资助项目(U1732275); 中国科学院合肥大科学中心“高端用户培育基金”资助项目(2018HSC-UE013)

Corresponding authors: * Tel: 0551-65595194, E-mail:jingxinli@hmfl.ac.cn;# Tel: 0551-65595671, E-mail:weitong@hmfl.ac.cn

Received: 2022-08-23  

摘要

EasySpin是一款较为流行的电子顺磁共振(EPR)谱图模拟和拟合软件,LabVIEW是一种图形化编程语言开发环境.本文介绍了一款使用LabVIEW为EasySpin设计的图形用户界面LV-EasySpin.LV-EasySpin提供了一种直观的操作方法来实现连续波EPR多组分波谱的可视化模拟和拟合.本文辅以各种模式下的实例进行说明,阐述了LV-EasySpin的设计思路与实现方案,最终希望具有简洁、易操作界面的LV-EasySpin可以降低用户使用EasySpin分析EPR谱图的难度.

关键词: 电子顺磁共振波谱; 模拟/拟合; EasySpin图形用户界面; LabVIEW; MATLAB

Abstract

EasySpin is a popular software for simulating and fitting a wide range of electron paramagnetic resonance (EPR) spectra, and LabVIEW is a graphical programming language development environment. This paper introduces a graphical user interface (GUI) LV-EasySpin that is designed by using LabVIEW for EasySpin. LV-EasySpin provides an intuitive way to visually simulate and fit EPR multicomponent spectra. Through various examples, the design idea and implementation scheme of the GUI are illustrated in the paper. We hope this simple and easy-to-operate interface LV-EasySpin will reduce the difficulty for users analyzing EPR spectra.

Keywords: electron paramagnetic resonance spectra; simulation/fit; EasySpin graphical user interface; LabVIEW; MATLAB

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本文引用格式

李晶鑫, 童伟. EPR谱图模拟软件EasySpin的图形用户界面设计[J]. 波谱学杂志, 2023, 40(1): 100-110 doi:10.11938/cjmr20223017

LI Jingxin. Graphical User Interface Design of the EPR Spectra Simulation Software EasySpin[J]. Chinese Journal of Magnetic Resonance, 2023, 40(1): 100-110 doi:10.11938/cjmr20223017

引言

电子顺磁共振(EPR)技术可用于检测含有未成对电子的物质,是进行物质组成和结构分析的强有力工具,在化学、生物、物理、医学、工农业生产活动中具有重要应用价值[1].实验得到的EPR谱图,通过波谱分析可获得有关顺磁物质(顺磁中心)的特征参数、结构以及动力学等信息.波谱分析,通常也称为解谱,有时是一项很困难的工作,特别是想从复杂的实验谱图中获得准确详细的结构和动力学等信息,必须利用计算机进行一系列的数值处理、谱图模拟和参数拟合,因此EPR谱图模拟/拟合(simulation/fit)软件就成了解谱的重要辅助工具.虽然以前文献[2-4]中也涉及一些EPR模拟的软件,但随着计算机系统的升级有的已不再适用.有的仍然在使用,但已经不再持续更新.例如“Biomolecular EPR Spectroscopy Software”(基于生物学EPR应用而开发的一款图形界面软件)[5]和“SimFonia”(布鲁克仪器自带),这使得它们的局限性得不到改善.而近年来较为流行的EPR模拟软件EasySpin则功能较为全面,包括众多样品种类[如液体(快运动和慢运动)、晶体、粉末]的脉冲EPR谱、电子-核双共振(ENDOR)谱、频率谱的模拟,众多实验和自旋相关参数的调节,计算磁化率、自旋能级劈裂图等,最重要的是还具有谱图拟合的功能(这是其他软件没有的功能);此外,EasySpin一直处于活跃的开发状态,官网经常对软件进行更新,是与时俱进的,并且最新的6.0版本已经开源[6-8].

EasySpin便是由华盛顿大学教授Stefan Stoll等开发的一套MATLAB工具箱,MATLAB是矩阵实验室(Matrix Laboratory)的简称,是MathWorks公司开发的科学与工程计算软件.EasySpin可运行在Windows、Linux和Mac上,并且是免费开源的.但由于其一直以工具包的形式发布,使用时还需要编写MATLAB脚本来实现计算模拟,很多用户因这个门槛而望而却步,使得EasySpin并没有被普遍运用到实际解谱中.LabVIEW(Laboratory Virtual instrument Engineering Workbench)是美国国家仪器公司(National Instruments,简称NI)出品的可视化图形编程语言(“G”语言)和集成开发环境.与传统的文本编程语言相比,LabVIEW最突出的特点就是图形化编程,编写的程序是图形界面和框图的形式,更利于非计算机专业的科技人员使用.

本文基于LabVIEW为EasySpin设计了一款方便用户使用的图形用户界面(GUI)―LV-EasySpin,用于辅助EPR解谱,在该界面中通过点击鼠标、输入参数、拖动滑动条等一系列简单的操作就可以完成EPR谱图的模拟/拟合.它调用了EasySpin的计算函数,目前可提供一种直观的方法来实现连续波EPR多组分波谱的可视化模拟/拟合.同时,为用户提供了一种简单的方法来保存模拟/拟合后的数据,易于导出数据进行作图和分析.

1 LV-EasySpin的原理与使用

1.1 基本原理

LV-EasySpin是基于LabVIEW为EasySpin设计的一款方便用户使用的GUI.LabVIEW方便编写图形界面,图形界面负责收集需要模拟的自旋系统相关参数(包括实验参数),主要参数以树形表格显示.收集的参数再按照EasySpin的脚本规则使用LabVIEW自动生成MATLAB脚本(字符串格式),然后将该脚本传入LabVIEW自带的函数“MATLAB script node”中计算,计算完成后将数据传回LabVIEW进行绘图、再加工处理,以及保存,其基本原理如图1所示.

图1

图1   LV-EasySpin的基本原理

Fig. 1   Schematic of LV-EasySpin


1.2 软件安装

在LabVIEW里可以通过“MATLAB script node”这个函数,将MATLAB程序脚本直接写在这里进行调用,因此LV-EasySpin需要Windows、Linux或Mac上安装有MATLAB 7.5(R2007b)或更高版本.由于LV-EasySpin需要调用EasySpin函数,因此EasySpin(easyspin-5.2.35)工具箱必须安装在MATLAB路径中.这些均可从官网下载安装(https://www.easyspin.org).此外,如果要使用自旋数据库(Spin Species Database),还需要安装Microsoft Office套件中的Access或者Access数据库引擎.本文以下部分中介绍的所有谱图模拟和拟合都是使用Windows 10执行的.

1.3 使用方法

图2显示了LV-EasySpin的界面图,不需要编辑任何脚本,输入参数就可运行EasySpin的模拟(simulation)和拟合(fit)功能.

图2

图2   DMPO捕获•OH、•CH3、•H自由基的EPR谱图模拟界面

Fig. 2   Interface of EPR spectra simulation of DMPO capture the free radicals •OH, •CH3, •H


行使模拟功能时,第一步是在LV-EasySpin的用户界面选择依赖于EasySpin的模拟函数,有三种模式可选(图2中的“spectra type”):选择“fast motion”将运行“garlic”函数(https://easyspin.org/easyspin/documentation/garlic.html),选择“slow motion”将运行“chili”函数(https://easyspin.org/easyspin/documentation/chili.html),选择“solid”将运行“pepper”函数(https://easyspin.org/easyspin/documentation/pepper.html).第二步是输入参数,首先是实验参数(即微波频率和磁场范围),可从导入的实验谱图中自动提取(图2中“Experiment”,目前支持的实验数据格式为winEPR的par文件,以及包含一列磁场和一列信号的普通文本文件,如ascii、txt、dat文件),也可不导入实验数据,手动输入微波频率和磁场范围(即更改GUI中的“Microwave Freq”、“CenterField”和“SweepWidth”).真实磁场和测量磁场之间的“field offset”可在GUI拖动滑动条自由更改.除实验参数以外,EasySpin的模拟/拟合还与自旋参数密切相关,包括自旋系统中关于自旋(S)和耦合的所有信息.单独添加这个自旋系统中的每个组分,然后存储汇总到“Spin Components”中(有从属关系).分别输入每个组分的特征参数(如g因子、超精细分裂常数A值),这些张量根据对称性可选择为各向同性(iso)或轴对称(axial)或斜方对称(rhom);多个组分时,逐个添加每个组分的特征参数,并且可选择添加各个组分的权重(注意:每添加一项电子自旋参数后,再添加相关联的核自旋参数).g值、A值(注意:该GUI中A值的单位是Gauss,而EasySpin中是MHz,填入参数前记得转换)、线宽、权重都可通过拖动滑动条改变大小,方便观察其对谱图的影响.选好函数、输入参数后,点亮“Plot”,已经存储的数据即按照EasySpin的语法写好MATLAB脚本,并立即计算输出模拟谱图.在多组分的情况下,输出结果既有每个组分的单独谱图,也有各个组分加权求和后的谱图(可自由勾选显示).

上述EasySpin模拟功能只是对EPR谱图的一种设想,当用户想确定实验谱图包含哪些EPR信号以及所占比重时,就需要用到拟合(fit)功能.拟合原理是最小二乘法.拟合步骤为:①分析体系中存在的自旋种类和相应作用项(参数);②分析各个作用项(参数)的大致范围;③分析体系的弛豫机制,确定展宽类型为洛伦兹型或高斯型或混合型,初步确定实验展宽;④最小二乘法拟合.

拟合功能的具体操作第一步是导入实验数据,点击“Load Data”即可,同时也将实验参数(微波频率和磁场范围)自动提取.第二步是选择依赖于EasySpin的拟合函数(同上述模拟功能).第三步是参数设置(同上述模拟功能).第四步是进行拟合,这里是直接调用EasySpin里的程序“EasySpin Least-Squares Fitting”,依次点击LV-EasySpin的GUI上的“with fit”(加亮)和“Plot”(加亮)按钮即可跳转至如图3所示的拟合界面,两个GUI(LV-EasySpin和EasySpin Least-Squares Fitting)之间的数据交换是由LV-EasySpin通过LabVIEW的MATLAB script node的输入输出参数来实现的.点击“Start”开始自动拟合.第五步是优化算法(即对拟合谱图进行精修),通过调整“EasySpin Least-Squares Fitting”界面中的参数(如“vary”、“center”)在之前拟合的基础上再进行拟合,拟合至均方根偏差(RMSD)值基本不变为止.拟合完成并导出参数到MATLAB Command Window则自动返回“LV-EasySpin”GUI并弹出最终拟合参数结果对话框(里面包含二次积分强度的结果,更加方便用户进行数据处理),点击“Accept”可将结果保存到相应文件夹中.

图3

图3   “EasySpin Least-Squares Fitting”界面

Fig. 3   Interface of “EasySpin Least-Squares Fitting”


1.4 LV-EasySpin图形用户界面

图2左边为DMPO(5, 5-二甲基-1-吡咯啉-N-氧化物)捕获•OH、•CH3、•H自由基的EPR模拟谱图,既显示了各组分的模拟谱图(绿色、蓝色、黄色线条),也显示了叠加后的谱图(红色线条).如果有实验数据相比较,可通过点击左下方的自动scale按钮(“A”)调节实验数据显示比例(与模拟数据的强度相匹配).调节左上方的Shift数值可拉开各谱图的纵坐标距离,通过左上方的Left和Right光标定位读取坐标值(方便A值和g值的读取).谱图窗口的底部为导入实验谱图和导出保存模拟/拟合谱图的按钮(保存的数据类型包含模拟/拟合谱图的文本数据、可运行的原始MATLAB脚本以及LV-EasySpin界面截图).点击窗口顶部的“Show Plots”按钮可选择加载每个历史数据中的一部分或全部谱图,此外在谱图窗口右侧有模式选择、添加组分、运行程序等模块.图2的模拟添加了三种自旋组分,在GUI的右侧输入每个组分用于模拟的参数然后存入下方“Spin Components”的树结构表格中,包含每个组分的名称、电子自旋值、g值,产生超精细耦合的原子核的名称、核的个数、每个核自旋的A值,权重,线宽,相关时间等,整个GUI修改参数很方便,拖拉滑动条可非常直观地观察谱图的变化.

该GUI还设置了“Advanced Options”按钮,用于添加或改变一些实验条件参数、自旋系统中其他参数(如坐标系变换,各种应变/不均匀性,交换作用)、计算方法等.选择不同模拟模式(Fast-motion/Slow-motion/Solid)对应的高级选项内容也不一样.如图4所示,该界面主要是给用户设置更复杂的模拟参数时提供一些参考.

图4

图4   不同模拟模式下,(a) Fast-motion、(b) Slow-motion、(c) Solid的高级选项

Fig. 4   Advanced options for different simulation types. (a) Fast-motion; (b) Slow-motion; (c) Solid


1.5 附加工具

该GUI还设置了一些便捷的小工具来帮助理解、查寻、转换或计算一些参数.①超精细分裂树状图:有利于了解谱图的峰来源以及超精细分裂常数A值的读取,选中“Spin Components”中的某个自旋组分,再点击“View hf splitting”即可显示,如图5所示.②“Hold on/off”按钮可保留/不保留上一次计算结果(如测试单晶转角时不同角度之间EPR谱图的比较).③Tools中有“Periodic Full Table”[9]可随时调出元素周期表查阅相关的参数,例如核自旋、自然丰度等.Tools中还有“Calculator”可以输入不同频率找到共振磁场的大致位置,还可以进行常用参数单位的换算,如图6所示.

图5

图5   DMPO捕获•CH3的超精细分裂树状图

Fig. 5   Hyperfine splitting dendrogram of DMPO capture •CH3


图6

图6   单位换算工具截图

Fig. 6   Screenshot of unit conversion widget


2 应用实例

2.1 稀溶液样品自由基(fast motion模式)

此处以常见的DMPO捕获•OH自由基为例,通过查阅相关书籍[10]可知,DMPO捕获•OH自由基中的giso=2.005 9、AN=14.8 G(1 G = 10-4 T)、AHβ=14.8 G.LV-EasySpin界面中,首先在“spectra type”中选择“fast motion(solution)”,在“Spin”中填入1/2,g的对称性(g-symm)选择“iso”并输入上述文献所查参数2.005 9,点击“Add Spin”将数据存储到“Spin Components”的表格中;在“Nucs”中填入“14N”,个数(Nums_n)是1,对称性(A-symm)选择“iso”,输入上述文献所查参数14.8,点击“Add Nucs”将数据存储到“Spin Components”的表格中;再在“Nucs”中填入“1H”,个数(Nums_n)是1,对称性(A-symm)选择“iso”输入上述文献所查参数14.8,点击“Add Nucs”将数据存储到“Spin Components”的表格中;最后点亮“Plot”即显示如图7所示模拟谱图(此处GUI中默认洛伦兹峰线宽L_lwpp为1 G,可拖动滑动条观察谱图变化).

图7

图7   LV-EasySpin模拟DMPO捕获•OH自由基的EPR谱图

Fig. 7   The EPR spectra of DMPO capture •OH simulated with LV-EasySpin


上文提到的DMPO捕获•OH、•CH3、•H自由基的EPR模拟谱图也属于此类模式.模拟多种自由基时,按照上述方法在GUI的右侧界面逐个输入参数(自由基giso值约为2左右,ANAHβ可查阅相关书籍[10])加入到Spin Components表格中即可,如图2所示.多种自由基的叠加谱图,在Plot1显示,调整每种自由基的weight可模拟不同比例组分的叠加谱图.

2.2 粘滞度较大的氮氧自由基(slow motion模式)

选取EasySpin中的一个slow motion实例,运用MATLAB运行的脚本以及模拟后的谱图如图8(a)所示.同样的样本,从脚本中读取各项参数,使用LV-EasySpin进行模拟,首先在“spectra type”中选择“slow motion(solution)”,在“spin”中填入1/2,g对称性选择“rhom”,依次输入三个值,点击“Add Spin”将数据存储到“Spin Components”的表格中;在“Nucs”中填入“14N”,A对称性选择“axial”,依次输入A1和A3(此处脚本中A的单位是MHz,需要使用Tools中的“Calculator”工具换算成G输入),点击“Add Nucs”将数据存储到“Spin Components”的表格中;在G_lwpp下方的文本框中输入线宽0.85 [注意:EasySpin例子中是Gauss线宽,并且是半高宽(lw)不是峰峰宽(lwpp),需要使用Tools中的计算工具进行换算,如图6所示];在窗口下方的“Experiment”栏中输入微波频率9.5 GHz;点开“Advanced Options”按钮找到脚本中对应的“Options.LLKM”选项(用于指定取向基函数的数目),在后面的小白框中打勾同时输入[24 14 6 6],找到“RotationCorr time”(旋转相关时间)选项在后面的小白框中打勾同时输入0.03e-9(单位为s),点击“OK”即可,返回LV-EasySpin界面点亮“Plot”即显示模拟谱图(修改窗口下方“Experiment”栏的中心场(CenterField)可将谱图调节至合适位置).然后点击“Hold off”变为“Hold on”,再重复“Advanced Options”的步骤,依次更改“RotationCorr time”为0.1e-9、0.3e-9、1e-9、3e-9、10e-9、30e-9、100e-9、300e-9.最后在“Shift”文本框输入合适的数值拉开纵坐标即显示如图8(b)所示.该模拟谱图与直接运用样例MATLAB脚本模拟的谱图完全一致.

图8

图8   (a) EasySpin实例中MATLAB原始脚本及模拟谱图;(b) LV-EasySpin模拟的EPR谱图

Fig. 8   (a) An EasySpin example of MATLAB script and the simulated spectra; (b) EPR spectra of the same example simulated by LV-EasySpin


2.3 固态粉末(solid模式)

固态粉末样品一般是测试其中过渡族金属离子的EPR信号[11],选取一篇Mn2+的文献来举例说明,输入文献[12]中提供的参数,LV-EasySpin界面中首先在“spectra type”中选择“solid(powder)”,在“Name”中输入“C1”,“spin”中填入5/2,g对称性选择“iso”,并输入1.992 8,点击“Add Spin”将数据存储到“Spin Components”的表格中;在“Nucs”中填入“55Mn”,个数默认是1,A对称性选择“iso”并输入96.70(运用Calculator小工具进行换算271 MHz→96.70 G),点击“Add Nucs”将数据存储到“Spin Components”的表格中;然后在lwpp的文本框中输入18.9,点击零场分裂参数D后面的文本框,选择“D”,并在下方表格中输入数值703 MHz;最后点开“Advanced Options”按钮,勾选Temperature项并填入50 K,勾选“D Strain”项输入596 MHz,点亮“Plot”即显示C1模拟谱图.同理输入C2的相关参数,最终勾选GUI中画图上方图例Plot1(C1+C2)、Plot2(C1)、Plot3(C2)完成(图9).与文献中EasySpin模拟谱图完全一致.注意这里DStrain取值过大值得商榷,这个随机选取的例子只是为了说明LV-EasySpin的可靠性,同样的参数可以得到一样的结果.

图9

图9   LV-EasySpin模拟的PNZ玻璃样品中Mn2+的EPR谱图

Fig. 9   EPR spectra of Mn2+ in PNZ glass simulated by LV-EasySpin


2.4 拟合实例

选取几种自由基组合的实验数据进行拟合分析,根据常见的自由基谱图,判断该实验谱图中可能存在DMPO捕获的•OH、•CH3、•H.按照上述的拟合步骤,首先导入实验数据,“spectra type”选择“fast motion (solution)”,再输入从书籍[10]查到的DMPO捕获的•OH(组分一)、•CH3(组分二)、•H(组分三)的相关参数,得到图2所示的模拟谱图,只选取Plot0(实验数据)和Plot1(sum谱图);分别点击“Plot”和“with fit”跳转至拟合界面“EasySpin Least-Squares Fitting”;点击“Start”进行初步拟合,发现数据不是很吻合(RMSD为4.7左右),观察两者的差异修改每个数值的“vary”(增大变化范围有利于最优值的寻找)和“center”,在上次拟合结果基础上(第二次开始“Startpoint”选项由默认初值“center of range”改为“selected parameter set”)不断拟合,直到RMSD值基本不变(如图10(a)所示,最后RMSD为2.3左右),点击“Save parameter set”保存参数,选取最优拟合结果,点击“export”导出[图10(b)],跳转至“Fitting Results-parameters”页面点击“Accept”保存,然后返回LV-EasySpin的主界面点击“Save sim”.最终拟合结果见图10(c),通过该GUI的辅助分析,快捷准确地确定了实验谱中存在的自由基种类、参数及含量:•OH(组分一)g=2.005 8,AN=42.13,AH=40.67,lwpp=0.105 0,权重比=1.1(该权重比没有归一,下同);•CH3(组分二)g=2.005 7,AN=44.05,AH=64.95,lwpp=0.187,权重比=0.75;•H(组分三)g=2.005 6,AN=46.18,AH=63.27,lwpp=0.126 1,权重比=1.1.

图10

图10   LV-EasySpin拟合的几种自由基组合实验样品的EPR谱图分析. (a)拟合操作界面;(b)最终拟合参数;(c) 最终EPR谱图拟合结果

Fig. 10   EPR spectra analysis of experimental sample with several free radicals fitted by LV-EasySpin. (a) Interface of fitting operation; (b) Final fitting parameters; (c) Final fitting EPR spectra


2.5 自旋数据库

自旋数据库是对一些书籍和文献中常见的EPR范例的模拟参数(如自旋捕获的自由基、单一的过渡族金属离子等)进行存储,该GUI已经建立了数据库并添加了一些常用的数据,只需按照上述软件安装的步骤安装Access即可.使用时LV-EasySpin图形界面可直接从数据库中调用已有的EPR谱图参数,无需再输入自旋参数进行模拟,自旋数据库的建立使得EPR谱图的模拟变得更加便捷高效,同时也便于用户解谱.用户在使用的过程中可随时更新数据库,也可根据自己常用的测试信号建立自己的专属数据库.我们也将不断扩充该数据库,并希望将来可以公开在网络上,让更多的研究人员参与数据补充和添加.

3 结论

LabVIEW是虚拟仪器领域中最具有代表性的图形化编程开发平台,主要应用于仪器控制、数据采集、数据分析、数据显示等领域,它强大的数据分析库函数可以出色地完成数据分析与处理.本文利用LabVIEW强大的函数以及GUI功能,将模拟/拟合EPR谱图的EasySpin软件简化,节约分析数据的大量时间,希望给用户在EPR解谱中带来方便.

最后,我们想强调的是,这篇文章的目的只是希望建立一个辅助工具,方便大家能够快速模拟出EPR谱图.模拟软件只是辅助工具,EPR谱图解析的根本是建立在对顺磁中心内禀结构的认知上,引入不同的参数是建立在相应的特征结构基础上.通过参数模拟谱图只是辅助手段,帮助我们验证对特征结构的认识是否正确,不能误以为“只要有参数就能说明实验问题”.

致谢

这项工作全部是在中国科学院稳态强磁场实验装置中的X-band EPR谱仪上进行的.感谢中国科学院强磁场科学中心于璐博士的一些建议.

利益冲突

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