数据采集方案对神经扩散模型影响的评估
Evaluation of the Influence of Data Sampling Schemes on Neural Diffusion Models
通讯作者: 严序, Tel: 021-38893889, E-mail:maxwell4444@hotmail.com
收稿日期: 2020-11-5
基金资助: |
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Received: 2020-11-5
基于单次数据采集的多种扩散模型联合应用已逐渐成为临床研究的热点,本研究比较了三种采集方案对于神经扩散模型定量计算的影响,包括Q空间笛卡尔网格(QGrid)、多壳层异向(Free)和多壳层同向(MDDW)采集方案,涉及的扩散模型包含扩散张量成像(DTI);扩散峰度成像(DKI);神经突方向分散度和密度成像(NODDI);平均表观传播(MAP)模型.结果表明DTI和DKI模型对采集方案相对不敏感,而NODDI和MAP对采集方案和最大b值的设置相对较敏感,并且QGrid和Free方案一致性较高,因此在大样本和多中心研究中需要考虑采集方案的选择.此外,考虑到QGrid和Free方案分别在结合更多扩散模型和神经纤维束成像应用上更具优势,因此推荐使用.
关键词:
The joint application of multiple diffusion models on single sampled dataset is becoming a hot topic in clinical research. This study investigated the influence of the three data sampling schemes on the quantification of neural diffusion models. The three sampling schemes compared were QGrid, Free and MDDW on the Siemens scanners. The diffusion models involved were diffusion tensor imaging (DTI), diffusion kurtosis imaging (DKI), neurite orientation dispersion and density imaging (NODDI) and mean apparent propagator (MAP) models. It was demonstrated that the results of NODDI and MAP were sensitive to the sampling schemes and the set of maximum b-value, while that of DTI and DKI were comparatively not sensitive to varying configurations. It was also shown that QGrid and Free schemes provided more consistent results. Thus the sampling scheme should be carefully selected in multi-center studies and studies with large sample size. QGrid and Free schemes are recommended for their advantages demonstrated in this study.
Keywords:
本文引用格式
周敏雄, 张会婷, 王一达, 杨光, 姚旭峰, 高安康, 程敬亮, 白洁, 严序.
ZHOU Min-xiong.
引言
近年来还涌现出一系列更精细的扩散模型,从不同角度反映组织更多微观信息,如扩散峰度成像(diffusion kurtosis imaging,DKI)[4]、神经突方向分散度和密度成像(neurite orientation dispersion and density imaging,NODDI)[5]以及平均表观传播(mean apparent propagator,MAP)[6].DKI模型在DTI的基础上获得额外的扩散非线性或者偏离高斯分布程度,可以反映扩散受限和组织内多成分混杂的情况;NODDI模型则将体素内组织成分分成细胞内、外扩散和自由扩散三个成分,计算各成分信号的比例,同时还可以反映体素内组织结构空间方向分布的离散程度;MAP模型最近逐渐受到关注[7-10],该模型不基于任何假设,可直接计算水分子运动的位移分布函数,从而获得更准确的扩散受限和扩散速率等信息.
不同的扩散模型定量参数的物理意义不同.DTI、DKI、NODDI和MAP模型的常用参数及其物理含义见表 1.
表1 扩散模型常用参数的含义
Table 1
模型 | 参数 | 全名(英文/中文) | 物理含义 |
DTI | FA | fractional anisotropy各向异性分数 | 反映扩散系数在空间上分布不均匀的程度. |
MD\AD\RD | mean\axial\radial diffusivity平均\轴向\径向扩散系数 | 反映平均、轴向(神经纤维方向)和垂直于轴向平面的扩散速率. | |
DKI | MD\AD\RD | mean\axial\radial diffusivity 平均\轴向\径向扩散系数 | 与DTI的MD\AD\RD参数类似,但为校正后的扩散速率. |
MK\AK\RK | mean\axial\radial kurtosis 平均\轴向\径向扩散峰度 | 反映平均、轴向(神经纤维方向)和垂直于轴向平面的扩散偏离正态分布的程度,与扩散受限和多组织成分混杂有关. | |
NODDI | ICVF | intra-cellular volume fraction 细胞内容积比 | 为细胞内信号占总扩散信号的比例,与神经突密度相关. |
ISOVF | isotropic volume fraction 各向同性容积比 | 为各向同性信号占总扩散信号的比例,通常反映脑脊液信号 | |
ODI | orientation dispersion index 方向分散指数 | 量化神经轴突方向角度的不一致性,其值在单方向的神经组织中趋近于0,在各向同性组织趋近于1. | |
MAP | RTOP | return-to-the-origin probability 返回原点概率 | 水分子在扩散过程中不发生净位移的概率,反映扩散受限程度. |
MSD | mean squared displacement 平均平方位移 | 单位时间内水分子的均方位移,反映扩散速率,与DTI/DKI的MD参数接近. | |
QIV | Q space inverse variance Q空间逆方差 | Q空间信号几何平均值的逆方差 | |
NG | no-Gaussianity 非高斯性 | 含义与DKI中的MK接近,反映扩散偏离正态分布的程度. |
针对上述扩散模型的采集方案主要有以下三种类型:1)Q空间网格采集方案QGrid,为扩散谱成像(diffusion spectrum imaging,DSI)[11]的常用采集方案,包含多个b值和方向,且在Q空间分布呈现网格化;2)多壳层异向采集方案Free,壳层代表一系列具有相同b值不同扩散方向的采集,Free方案中每个壳层之间的扩散方向不同,从而可以最大化扩散方向的角度分辨率,并可通过泛化静电斥力原理实现角度空间的均匀分布[12];3)多壳层同向采集方案MDDW,即不同壳层间采用相同的扩散方向,其扩散方向分布方案基于早期单壳层的优化设计[13, 14].其中,MDDW类型方案是一般商用MRI扫描仪中常规的扩散方向设置.针对单个模型,DKI模型的推荐快速采集方案为采用30个扩散方向和三个b值(0、1 000、2 000 s/mm2)的MDDW类型方案[15],NODDI模型的最优化快速采集方案则采用0 s/mm2、700 s/mm2(30个扩散方向)、2 000 s/mm2(60个扩散方向)三个b值和90个扩散方向的Free类型方案[5].针对单个扩散模型,以上采集方案间的差异主要体现在扩散方向和b值.
但随着各个扩散模型的临床价值逐渐展现,临床研究中同时使用多个扩散模型进行多维度综合评估目前已成为趋势.Wu等[16]于2007年提出混合扩散成像,通过一次采集进行DTI、DSI等模型重建和分析.近年来,随着NODDI、MAP等新扩散模型的提出和推广,基于单次采集的多扩散模型逐渐应用到了动物[17]与人体[9, 10, 18, 19].这种方式通过一次采集即涵盖了多个模型所需的扩散数据,不仅采集时间远低于多个模型分别采集的总和,大大节省了时间;而且相比于单个模型,采集了更多b值或者方向,提高了各扩散模型计算的准确性;同时,各模型使用相同的扫描设置,省略了复杂的图像配准步骤,可以直接联合应用,以及进行不同参数的临床应用效能对比,在定量研究中具有较大潜力.
本研究比较了三种适用于单次采集多个扩散模型的采集方案的定量效果,即QGrid、Free和MDDW方案,为未来高级扩散模型的联合应用提供采集方案方面的参考依据.本文评估的扩散模型包括DTI、DKI、NODDI和MAP模型.考虑到临床的实用性,本研究利用“同时多层”加速采集技术,将三种方案的采集时间均控制在6~8 min;同时为了保证信噪比和扩散模型计算的稳定性,最大b值设定在2 000~3 000 s/mm2,与美国的脑连接组计划(human connection project,HCP)中的扩散采集方案[20]一致.
1 实验部分
1.1 数据采集
本研究共采集了4位志愿者的扩散数据,均签订了知情同意书.数据采集在西门子3T MAGNETOM Prisma上完成.采用20通道头线圈,每位被试均应用了三种不同采集方案,即QGrid、Free和MDDW.采集参数如下:(1)QGrid方案,重复时间/回波时间(time of repetition/echo time,TR/TE)= 3 700/72 ms,带宽为1 820 Hz/pixel,99个梯度方向,Q空间因子为3,最大b值为3 000 s/mm2,扩散时间δ/∆ = 15.9/35.0 ms,扫描时间为6 min 37 s;(2)Free方案,TR/TE = 3 900/72 ms,带宽为1 820 Hz/pixel,b值设置为0、1 000、2 000、3 000 s/mm2,且每个非零b值采用了30个不同的梯度方向,共90个不同的扩散方向,扩散时间δ/∆ = 15.9/35.0 ms,扫描时间为6 min 42 s;(3)MDDW方案,TR/TE = 3 500/68 ms,带宽为1 820 Hz/pixel,b值设置为0、1 000、2 000 s/mm2,每个b值的梯度方向数为64,壳层间的梯度方向相同,扩散时间δ/∆ = 13.9/33.0 ms,扫描时间为7 min 57 s.其余扫描参数三个方案相同:层面内并行成像采用GRAPPA方法,加速因子为2;层面间采用同时多层技术加速,加速因子为2;层厚为2.2 mm,体素尺寸为2.0×2.0×2.2 mm3,视野(field of view,FOV)= 220×220 mm2,总扫描层数为60层.扫描过程中,通过海绵垫固定头部,减小头动,并在扫描后人工确认头动情况.
1.2 参数计算
扩散数据的预处理流程包括:1)去除头壳,使用FSL的BET工具;2)涡流校正,使用DiffusionKit的Bneddy工具;3)图像平滑,基于3D高斯滤波,平滑核sigma=1.25.
在参数定量计算方面,DTI、DKI和MAP模型基于DIPY计算.其中,DTI参数包括FA、DTI-MD,DKI参数包括MK、DKI-MD,MAP的参数包括RTOP、MSD、QIV和NG.而NODDI模型基于AMICO计算,参数包括ICVF、ISOVF和ODI.以上模型中的一些参数,如DTI的AD和RD,虽可以计算获得,但由于它们与DTI-MD参数之间有高度相关性,所以在本研究中其计算结果不纳入后续比较,由于相同原因未纳入比较的参数还有DKI模型的AK、RK,以及MAP模型的RTAP、RTPP等.
为避免序列间的头动和变形伪影,本研究对三个方案采集的数据进行了配准.配准以QGrid方案的第一幅b0图像作为参考图,利用Elastix[25]的非刚体配准方法与其他方案的b0图像进行配准,然后将配准参数应用到对应的参数图上.配准的参考图也可以选择其他方案的b0图像.由于三个方案的数据均在一次扫描中采集,且成像参数非常接近,因此配准的准确性较高.
1.3 数据分析
本研究从参数图的局部和全局两方面比较了三个不同采集方案对不同扩散模型的参数定量计算的影响:
(1)感兴趣区(region of interest,ROI)比较.对于每个采集方案,首先在灰质和白质区域分别选取了5个5×5体素模块作为ROIs,即共30个ROIs,然后计算了不同扩散模型各定量参数在ROIs内的平均值(以下简称ROI均值)并进行比较.ROIs在QGrid方案的b0图像上勾画,并参考FA和MK,利用其良好的灰质和白质对比得以准确定位.将ROIs直接复制到配准后的三个方案的定量参数图中,以计算ROI均值.
同时为了比较不同方案的一致性,进一步计算三个方案之间扩散模型定量参数的离散系数(coefficient of variation,CV),并基于灰质和白质分别比较,CV计算公式为:
其中
(2)全局CV图,分别计算三个采集方案中两两之间的全局CV图,以反映两方案间定量参数在不同空间位置的误差,并计算全图平均CV.
2 结果与讨论
2.1 ROI均值比较
本文首先比较了三种采集方案下受试者脑白质和灰质的ROI均值和离散系数,以评估采集方案对扩散模型定量参数的影响.结果显示不同采集方案之间的差异在DTI和DKI模型中相对较小,在MAP和NODDI模型中相对较大;而且白质的差异小于灰质(图 1和表 2).DTI和DKI扩散模型定量参数CV基本较小,其中基于只有FA在灰质有一定差异,CV=0.06.对于MAP模型,三个方案获得的定量参数差异较大,其中QGrid和Free方案计算的定量参数较接近,而MDDW与另外两方案差异较大,如灰质的MSD、QIV、RTOP参数和白质的QIV、NG参数,CV达到0.08~0.11.对于NODDI模型,ODI参数在不同方案一致性高,ICVF在灰质中呈现一定差异,CV为0.07,而ISOVF参数在不同方案间的差异最大,灰质和白质中CV分别为0.47和0.11.
图1
图1
基于ROI均值,评估不同采集方案对多种扩散模型定量参数计算结果的影响.采集方案包括QGrid、Free和MDDW,扩散模型包括DTI、DKI、MAP和NODDI,ROI均值比较分别在灰质和白质进行(由于参数值值域不同,参数值通过数量级调整同时显示)
Fig.1
Based on the mean values in ROIs, the influence of different sampling schemes on the quantitative parameters of various diffusion models was compared. The sampling schemes included QGrid, Free and MDDW. The diffusion models included DTI, DKI, NODDI and MAP. ROIs were selected in gray matter and white matter regions respectively (Each parameter is in different value range, thus a rescale is applied to display them together)
表2 QGrid, Free, MDDW三个采集方案之间多种扩散模型中定量参数的离散系数(CV)
Table 2
DTI | DKI | MAP | NODDI | |||||||||||
FA | MD | MD | MK | MSD | NG | QIV | RTOP | ICVF | ISOVF | ODI | ||||
灰质 | 0.06 | 0.04 | 0.01 | 0.05 | 0.09 | 0.04 | 0.08 | 0.11 | 0.07 | 0.47 | 0.01 | |||
白质 | 0.02 | 0.01 | 0.03 | 0.04 | 0.06 | 0.08 | 0.09 | 0.03 | 0.01 | 0.11 | 0.04 |
2.2 全局CV指标比较
本节通过计算参数图各体素位置的CV,全局比较三个采集方案在不同扩散模型定量参数计算时的差异.如图 2和图 3所示,总体上基于三个采集方案计算的大多定量参数具有较高一致性,尤其在DTI和DKI模型中.DTI模型中,MDDW与其他两个方案的FA参数差异较大,CV值达到0.08~0.09,主要集中在脑脊液区域;DKI模型中,三个方案的差异均较小.NODDI模型的ICVF和ISOVF参数在三个方案中存在一定差异:ICVF的差异主要在灰质,该参数Free方案的灰质和白质对比度优于另外两方案,但总体CV不高,位于0.04~0.07;ISOVF参数的差异则遍布脑脊液之外的全脑灰质和白质区域,受噪声影响较大,CV值高达0.19~0.21.相较于DTI、DKI模型,MAP模型NG、RTOP和QIV参数的整体差异较大,存在多个CV值超过或接近0.1的现象(图 4),其中NG和QIV的差异较集中在脑脊液区域,同时,QGrid和Free方案之间的差异更小.
图2
图2
QGrid、Free和MDDW三个采集方案的DTI和DKI模型定量参数值,以及两两之间的全局离散系数指标比较
Fig.2
The quantitative parameter values of DTI and DKI models with QGrid, Free and MDDW sampling schemes, and the comparison of global coefficient variance between two of them
图3
图3
QGrid、Free和MDDW三个采集方案的NODDI和MAP模型定量参数值,以及两两之间的全局离散系数指标比较
Fig.3
The quantitative parameter values of NODDI and MAP models with QGrid, Free and MDDW sampling schemes, and the comparison of global coefficients of variation between two of them
图4
图4
QGrid、Free和MDDW方案中两两之间的平均全局离散系数比较
Fig.4
Comparison of mean of global coefficients of variation between two of QGrid, Free and MDDW sampling schemes
2.3 讨论
本文针对目前关注较多的基于单次数据采集的多种扩散模型联合应用的问题,选择了三种效率较高且较为常见的采集方案,即QGrid、Free和MDDW方案,并定量评估了三个方案在DTI、DKI、MAP和NODDI模型定量参数计算时的一致性,为这些模型在未来临床的联合应用时扫描参数的选择提供经验参考.
本文结果显示,对于DTI和DKI模型,三个方案的定量结果非常接近,由于三个方案的b值大小以及扩散方向的分布各不相同,该结果说明这两种模型对b值范围和方向数接近的采集方案有较好的容忍度.当然,目前三个方案最大b值仅在2 000~3 000 s/mm2.如果b值范围差异较大,或者由于细胞内、外弥散成分衰减速率的不同,引起的扩散系数的方向数和分布的较大差异也会影响方向相关参数的计算.这两个模型的定量参数中,仅FA在不同方案的一致性略低,其余参数的一致性均较高,这与之前的研究结果[17]基本一致.本文中FA一致性较低主要体现在灰质区域,与灰质空间结构异质性低,容易受到噪声影响有关;而白质中FA一致性较好.由于FA主要应用于研究脑白质,因此在应用中可以忽略该影响.
对于较为复杂的NODDI和MAP模型,其定量结果对采集方案较敏感.NODDI模型中ODI在不同方案的一致性较高,与之前研究的结果一致[17],但ICVF和ISOVF的一致性略低,与之前结果不完全一致.ICVF和ISOVF参数在灰质中的一致性均低于白质,一方面因为NODDI模型脑脊液的计算对采集方案较敏感[17],存在一定计算误差,如图 3中QGrid和MDDW的ICVF图中可发现残留的脑脊液信号,这将影响脑脊液周围灰质的测量,而Free方案对脑脊液信号去除的更干净.另一方面,Free方案ICVF灰质和白质的对比度优于其他两种方案,这可能与其更多的扩散方向和更多的高b值数据占比有关.对于MAP模型参数,Free和QGrid两方案的一致性更高.其中NG、RTOP、QIV参数在不同方案间均存在差异,说明MAP模型参数的定量计算对采集方案的b值分布较敏感,QGrid和Free两个方案的最大b值为3 000 s/mm2,高b值比例较高,而MDDW的最大b值为2 000 s/mm2.另外与NODDI模型相似,NG和QIV参数在脑脊液部位差异较大,反映出该区域对采集方案较敏感.
综合以上实验结果可以发现,DTI和DKI模型对采集方案中的b值和方向设置不敏感,不同采集方案的数据可以在多中心大样本的研究中使用,而NODDI和MAP模型则对采集方案较为敏感,因此多中心研究中需要注意采集方案的选择.三个常见的采集方案中,Free和QGrid方案在多个模型的定量参数计算中一致性较高,同时由于它们相对于MDDW方案在未来拓展方面更具优势,因此推荐使用.Free方案由于每个b值壳层上的扩散方向均不同,所以可以获得高角度分辨率,因此在进一步纤维追踪研究中具有一定优势.HCP[20]就采用了类似的方案,并发现多壳层方案在解决纤维交叉问题的效果上优于单壳层.而QGrid方案是DSI技术早期最常用的方案,包含了多个b值和扩散方向数,在相同的采集时间下,其扩散方向数略低于多壳层方案,由于HCP重点目标是大脑纤维束追踪成像,因此并未采用.但是对于定量模型来说,DSI包含了更多不同的b值,具备反映更多组织成分(扩散速度不同)信息的潜力,可以进一步拓展计算其他扩散模型,如体素内不相干运动模型[26]、拉伸指数模型[27],以及最近提出的弥散基谱成像(diffusion basis spectrum Imaging,DBSI)技术[28],从而获得体素内扩散多成分信息.
采集方案中除不同类型的扩散方向和b值分布设置外,最大b值的设置对定量结果也会产生影响,尤其是如NODDI和MAP等计算较为复杂的模型.HCP研究采用的最大b值为3 000 s/mm2,并发现虽然更高的b值可以更好的解决交叉纤维问题,但实际应用中随着b值增加,图像信噪比会显著下降,导致计算误差增加,因此考虑到采集方案的推广性和大部分设备的可操作性,本文也将最大b值设置在3 000 s/mm2.
在临床可行性和可推广性方面,三个采集方案中MDDW最为常见,几乎在所有商用MRI扫描仪中均有配置,无需特殊设置,容易推广.QGrid和Free方案通常需要专业人员在MRI扫描仪后台中设置,需要进一步推广.其中,QGrid方案在西门子MRI设备E11及以上版本的软件平台已经成为标准配置,可直接设置.
采集时间方面,三个方案在同时多层技术的加速下,均可以在6~8 min内完成采集,在临床应用中可行性较高.如未配置同时多层技术,采集时间可能超过10 min,为了缩短采集时间,建议增加层厚和减少层数以减少采集时间.另外,采集时间也可以通过其他方式缩短,如使用压缩感知技术,或者基于Q空间对称性减少对称数据以成倍减少采集时间,这些将在未来的工作中进一步验证,未来有可能将采集时间控制在3~4 min,从而替代常规DTI的单壳层方案推广应用于临床.在采集效率方面,Free和QGrid方案采集效率高于MDDW,在加速方面具有更大的潜力.
未来通过采集方案的拓展,在增加少量采集时间的情况下,还可以加入更多的扩散模型,如体素内不相干运动模型(intro-voxel incoherent movement,IVIM),拉伸指数模型等,丰富不同维度的扩散信息.同时该方法也可以从神经拓展到体部应用,开展肿瘤以及其他局灶性疾病的应用.
3 结论
基于单次数据采集的多种扩散模型联合应用逐渐成为目前临床研究的热点,本文比较了QGrid、Free和MDDW三个采集方案在DTI、DKI、MAP和NODDI模型定量中的一致性,结果表明DTI和DKI模型对采集参数相对不敏感,而NODDI和MAP对采集方案以及最大b值的设置较为敏感,因此对于包括多个采集方案的大样本研究需要考虑采集方案的影响.另外,考虑到采集所得数据未来的拓展性,推荐使用QGrid和Free方案.
无
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