古菌蛋白质SSO6904的双体形式的NMR鉴定

波谱学杂志 ›› 2012, Vol. 29 ›› Issue (2): 224-230.

古菌蛋白质SSO6904的双体形式的NMR鉴定

姚宏伟^1,2，冯银刚^1,3*，王金凤¹

1. 中国科学院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室，北京 100101； 
2. 清华大学生命科学学院，生物信息学教育部重点实验室，北京 100084；  3. 中国科学院青岛生物能源与过程研究所，山东青岛 266101

收稿日期:2011-05-09 修回日期:2011-06-27 出版日期:2012-06-05 发布日期:2012-06-05
基金资助:
国家自然科学基金资助项目（30270301, 30770434）.

Dimer Form of Archaeal Protein SSO6904 Identified by NMR

YAO Hong-Wei^1,2, FENG Yin-Gang^1,3*, WANG Jin-Feng¹

1. State Key Laboratory of Biomacromolecules, Institute of Biophysics, Chinese Academy of Science, Beijing 100101, China; 
2. Key Laboratory of Bioinformatics of Ministry of Education, School of Life Sciences, Tsinghua University, Beijing 100084, China; 
3. Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology, Chinese Academy of Sciences, Qingdao 266101, China

Received:2011-05-09 Revised:2011-06-27 Online:2012-06-05 Published:2012-06-05
Supported by:
国家自然科学基金资助项目（30270301, 30770434）.

摘要/Abstract

摘要：

古菌蛋白质SSO6904是最近发现的一个全螺旋结构的、具有弱的钙离子结合活性的蛋白质. 在蛋白质纯化过程中，通过凝胶过滤层析发现SSO6904具有稳定的单体和双体形式. ¹H NMR谱表明2种形式的核心结构类似. 2D ¹H-¹⁵N HSQC谱表明单体和双体的结构差异主要处在连接螺旋2和3以及5和6的2个Loop链接区域，这2个Loop链接区域是形成双体的关键区域，而其他区域具有相同的结构. 通过结构分析推测并搭建了一种结构域交换的SSO6904双体结构模型. 这种稳定的双体形式可能是调节SSO6904功能的一种方式.

关键词: 核磁共振(NMR), 蛋白质结构, HSQC, SSO6904, 古菌, 蛋白质双体

Abstract:

Archaeal protein SSO6904 is a newly-discovered protein with weak calcium-binding activity. Protein SSO6904 is an all-helices protein. Protein purification by gel filtration discovered both monomer and dimer forms of SSO6904. ¹H NMR spectra indicated that the monomer and dimer have similar structural core. Analysis of 2D ¹H-¹⁵N HSQC spectra revealed that the major structural difference between the monomer and dimer was at the two loops connecting helices 2 and 3, and helices 5 and 6, respectively. These two loops form a key structural region for constructing the dimer, while other regions of monomer and dimer have the same structures. Structural analysis proposed a domain-swapped model of the SSO6904 dimer. The domain-swapped dimer may regulate the stability and function of SSO6904.

Key words: NMR, protein structure, HSQC, SSO6904, archaea, protein dimer

中图分类号:

姚宏伟, 冯银刚, 王金凤. 古菌蛋白质SSO6904的双体形式的NMR鉴定[J]. 波谱学杂志, 2012, 29(2): 224-230.

YAO Hong-Wei, FENG Yin-Gang, WANG Jin-Feng. Dimer Form of Archaeal Protein SSO6904 Identified by NMR[J]. Chinese Journal of Magnetic Resonance, 2012, 29(2): 224-230.

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